No esta demas mencionarte que para instalar denuevo desde el CD debes bootear desde este, es decir en la CMOS debes configurar para que la primera unidad de booteo sea el CDROM , cuando reinicias te sale un mensaje que presiones una tecla para inciar desde el CDROM debes hacer (presionar una tecla por ejemplo enter), luego se inicia la pantalla en formato texto de la instalacion de windows, luego de un momento de trabajo te pide que escojas entre 2 si quieres hacer una nueva instalacion
1 reparar una instlacion ya existente.
si elijes crear una nueva instalacion te pedira que escojas en que particion, ahi debes escojer primera particion es decir C:
luego al identificar 2que ya hay un windows en esa particion te dara a escoger si reemplazas los arcivos existents, aqui en este punto me parece que es posible que selecciones formatearla unidad C ya existente y tambien te dice que formato, NTFS recomendado.
asi que solo tienes que escoger esa opcion.
Con respecto al Partition Magic tambien lo recomiendo es muy bueno y te da muchas posibilidades, ademas es factible crear uyn diskette de inicio para wque trabaje y podras formatear cualquier unidad uncuida NTFS eso si que sea una version moderna superiro a la 6.
Saludos y mucha suerte