saludos
bueno, no estoy seguro pero creo ke el problema puede venir desde el CSS... como es de saber, IE no es amante de los formatos estandares, y por eso lee los codigos como le viene en gana, por eso, he visto ke muchos skins y otros traen un CSS para todos los navegadores, y uno exclusivo para IE... seria bueno ke publicaras el CSS, y acá le tiraramos un ojo... claro, no kiero decir ke ese sea el error, pero lo veo como uno muy probable.
suerte